الاستقلالية
 ينبغي أن يحدد ميثاق التدقيق الداخلي استقلالية نشاط التدقيق الداخلي وطبيعة الارتباط المزدوج بينه وبين الإدارة وأعلى سلطة في المؤسسة.
على وجه التحديد، ينبغي أن يرتبط الرئيس التنفيذي للتدقيق إداريا بالإدارة التنفيذية فيما يتعلق بأمور التوجيه والمساندة والإجراءات الإدارية اليومية (الحضور والانصراف وطلب الإجازة، الخ) ووظيفيا  بلجنة التدقيق فيما يتعلق بالتوجيهات الإستراتيجية والمسائلة  وتعزيز الدور الوظيفي. 
ينبغي أن يكون للمدقق الداخلي صلاحية الوصول المباشر للسجلات والتواصل مع الموظفين كلما دعت الضرورة لذلك، وتوظيف تقنيات التقصي والفحص المناسبة بدون قيود. 
الموضوعية 
 للمحافظة على الموضوعية، ينبغي أن لا يكون للمدقق الداخلي أي ارتباط شخصي أو مهني بالجهة/النشاط موضع التدقيق (العميل) وينبغي أن يحافظ على نمط ذهني عادل وغير متحيز بالنسبة لجميع المهمات.
"الاستقلالية والموضوعية مكونان مهمان من نشاط التدقيق الداخلي الفعال".
"يتولى المدقق الداخلي منصبا فريدا من نوعه، إذ أن توظيفه يكون عن طريق الإدارة وفي نفس الوقت يُتوقع منه مراجعة أداء الإدارة والذي من شأنه أن يسبب توترا ملحوظا مع الأخذ بعين الاعتبار ضرورة استقلالية المدقق الداخلي عن الإدارة، وذلك لتمكينه من تقييم أداء الإدارة بموضوعية، ولكن اعتمادية توظيف المدقق الداخلي على الإدارة واضح جدا".
أفضل الممارسات
1.    ينبغي أن يكون لدى نشاط التدقيق الداخلي تفويضا صريحا ومكتوبا في ميثاق التدقيق الداخلي والذي يبين الغرض من نشاط التدقيق الداخلي، وصلاحيات ومسؤوليات النشاط بهدف تعزيز الاستقلالية والموضوعية داخل المؤسسة. 
2.    يكون المدقق الداخلي مستقلا عندما يصدر حكما محايدا وغير متحيز عند أداء المهمة.  ولتأكيد هذه الاستقلالية، تقترح أفضل الممارسات أن تكون تبعية الرئيس التنفيذي للتدقيق للجنة التدقيق أو ما يعادلها.بالنسبة للشؤون الإدارية اليومية، تكون تبعية الرئيس التنفيذي للتدقيق إلى أعلى منصب إداري تنفيذي (مثلا: الرئيس التنفيذي للمؤسسة).
3.    ينبغي أن يكون للرئيس التنفيذي للتدقيق  إمكانية التواصل المباشر مع لجنة التدقيق والتي تعزز الوضع التنظيمي لنشاط التدقيق الداخلي وتوفر المساندة الكاملة والوصول المباشر وبدون أي قيود لموارد المؤسسة وتضمن عدم المساس بالاستقلالية.
 وهذا يوفر صلاحيات كافية لضمان أن يغطي نشاط التدقيق نطاقا واسعا واعتبارات مناسبة لتبليغ نتائج المهمات واتخاذ خطوات جادة لتنفيذ التوصيات. 
4.    تتعزز الاستقلالية أكثر عندما يكون الرئيس التنفيذي للتدقيق مرتبطا وظيفيا بالمجلس من خلال لجنة التدقيق فيما يتصل بتخطيط وتنفيذ وتبليغ نتائج مهمات التدقيق الداخلي. إضافة لذلك، فإن لجنة التدقيق الداخلي تكون مسئولة عن المصادقة على قرار تعيين وعزل وتحديد أجر المسئول التنفيذي للتدقيق. وينبغي على اللجنة أن تصون الاستقلالية بالمصادقة على ميثاق التدقيق الداخلي والتفويض على نحو دوري.
الموضوعية هي سلوك ذهني ينبغي على المدقق الداخلي أن يحافظ عليه عند أداء المهمات. 
5.    ينبغي أن يكون لدى المدقق الداخلي سلوك ذهني عادل وغير متحيز وأن يتصف بالحياد وعدم الانحياز، وأن يجتنب كل ما من شأنه أن يجعله في وضعية تضارب المصالح إذ أن ذلك يضر بقدرته على أداء المهمة بموضوعية.
6.    ينبغي أن تُراجَعْ نتائج مهمة التدقيق قبل التبليغ النهائي، وذلك لضمان تقديم تطمين معقول بأن العمل قد أُنجز بموضوعية.
7.    ينبغي أن لا يضطلع المدقق الداخلي بأي دور تنفيذي داخل المؤسسة.
8.    ينبغي أن يمتنع المدقق الداخلي عن تقييم عمليات كان مُشرفاً عليها فيما سبق.       
من المتوقع أن تتأثر موضوعية المدقق الداخلي إذا ما قدم خدمات تطمينية متعلقة بنشاط كان مسئولا عنه خلال السنة المنصرمة أو لمدة زمنية طويلة، بما يكفي للتأثير على رأيه أو حكمه. 
9.    ينبغي أن لا يقبل المدقق الداخلي أي هدايا أو خدمات من الآخرين كالموظفين والعملاء وشركاء العمل. 
10.    ينبغي أن يتبنى المدقق الداخلي سياسة تؤيد التزامه الثابت بميثاق الواجبات الأخلاقية، وتجنب تضارب المصالح والإفصاح عن كل ما قد يؤدي لتضارب المصالح.
11.    ينبغي أن يتم تدوير فريق التدقيق الداخلي المكلف بالمهمة بشكل دوري متى كان ذلك عمليا.